Le lac de Remoray est situé sur le territoire des communes de Remoray-Boujeons et de Labergement-Sainte-Marie, dans le département du Doubs et la région de Franche-Comté. C'est un lac d'altitude (850 m) situé en plein cœur des hautes-chaînes du massif du Jura. Il occupe le fond d'une cuvette d'origine glaciaire qui appartient au système synclinal crétacé Remoray - Saint-Point.